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言語モデルを用いたAI創薬:NeurIPS 2024採択論文の解説

さくらインターネット研究所の鶴田(@tsurubee3)です。先日、『さくらインターネットとCOGNANOのAI創薬に関する共同研究論文が、世界最高峰のAI国際会議「NeurIPS 2024」に採択』というニュースリリースを公開しました。このNeurIPS 2024に採択された論文(以下、「本論文」)は、ここ数年で急速に発展している言語モデルを創薬分野、特にタンパク質のアミノ酸配列に応用する研究です。このような研究は、Metaのようなビッグテックも活発に取り組んでおり、自然言語処理の分野で培われた技術が、自然言語の枠を超えて新薬候補の探索や設計に利用されつつあります。本記事では、本論文を中心に、言語モデルを活用した創薬の研究についてご紹介します。

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大規模言語モデルの研究動向の調査:時系列データ分析とData-centric AIの視点から

さくらインターネット研究所の鶴田(@tsurubee3)です。先日、研究活動の一環として、時系列データ分析とData-centric AIの二つの視点から、大規模言語モデル(以下、LLM)の最新の研究動向について調査し、私の個人ブログに以下の二つの記事を書きました。本記事では、調査の動機とそれぞれの研究動向の概要について紹介します。

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3次元結晶構造に基づく材料の物性予測についてICMLA2023で発表しました

さくらインターネット研究所の鶴田(@tsurubee3)です。2023年12月15〜17日にアメリカ合衆国フロリダ州ジャクソンビルで開催された22nd International Conference on Machine Learning and Applications (ICMLA 2023)にて、「DeepCrysTet: A Deep Learning Approach Using Tetrahedral Mesh for Predicting Properties of Crystalline Materials」と題した研究について発表しました。
この研究は、マテリアルズ・インフォマティクスと呼ばれる材料科学と情報科学の融合分野における研究です。これまでさくらインターネット研究所では、ITインフラが主な研究開発の対象分野でしたが、最近では、大学や企業と連携しながら材料科学や創薬などの自然科学分野の研究開発にも積極的に取り組んでいます。今回の研究発表は、以前のプレスリリースでもご紹介した京都大学複合原子力科学研究所と共同で取り組んだ成果です。

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3次元メッシュに対する深層学習を用いた材料物性の予測についてJSAI2022で発表しました

さくらインターネット研究所の鶴田(@tsurubee3)です。2022年6月14〜17日に国立京都国際会館とオンラインのハイブリッドで開催された2022年度 人工知能学会全国大会(第36回)にて、「3次元メッシュで表現した結晶構造を用いた材料物性の予測に向けた深層学習モデルの設計」と題した研究について発表しました。これは、マテリアルズ・インフォマティクスという材料科学と情報科学が融合した分野の研究であり、機械学習を専門とする鶴田と材料科学を専門とする桂先生、熊谷さん(@kumagallium)のコラボレーションにより生まれた研究です。
論文スライドも公開しておりますので、ご興味のある方はぜひご覧ください。

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IOTS2021でゲーム理論のシャープレイ値を用いたシステム異常の原因診断手法について発表しました

さくらインターネット研究所の鶴田(@tsurubee3)です。2021年11月25〜26日にオンラインで開催された第14回 インターネットと運用技術シンポジウム(IOTS 2021)にて、システムの異常の原因診断に関する発表を行ったので、スライドとともに内容を紹介します。

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情報処理学会論文誌 デジタルプラクティスにSSHプロキシサーバに関する推薦論文が掲載されました

2021年10月発行の情報処理学会論文誌 デジタルプラクティス (Vol.2 No.4) に弊研究所の鶴田博文(@tsurubee3)と松本亮介(@matsumotory)が執筆した推薦論文が掲載されました。

論文はこちらで閲覧できます。

以下、著者により論文の内容を紹介します。

推薦論文:ユーザに変更を要求せずにシステム変化に追従可能なSSHプロキシサーバsshrの開発

第一著者の鶴田です。本論文は、2019年の藤村記念ベストプラクティス賞を授賞し、情報処理学会インターネットと運用技術(IOT)研究会からの推薦を受けて、デジタルプラクティスに推薦論文として掲載されました。

本論文では、サーバ管理に広く利用されているSSHにおいて、ユーザがサーバの構成やその変更を意識することなく透過的に目的のサーバにSSH接続ができる仕組みを実現するために、sshrというプロキシサーバを提案しました。sshrは、SSHプロキシサーバに対してシステム管理者が自由にフック関数を実装、組み込み可能なアーキテクチャを採用しており、これによりプロキシサーバの動作をプログラマブルに拡張することができます。sshrは第12回インターネットと運用技術シンポジウム(IOTS2019)にて提案を行いました。今回の論文は、デジタルプラクティスの趣旨に沿うように、より実践的な内容について書いています。具体的には、sshrをシステムに適用する際のシステム構成やフック関数の実装などを例を挙げながら詳しく説明しています。非常に実践的な内容になっているので、ご興味のある方はぜひ論文を読んでいただけますと幸いです。また、提案したsshrのコードはGitHubで公開しているので、IssueやPull requestなども大歓迎です。


共著のまつもとりーです。この研究は、鶴田さん(以降つるべーさん)がさくらインターネット研究所に入ってまず最初に論文化に取り組んだ研究です。当時は、このようなエンジニアとしての活動から生まれたプロダクトをどのように研究へと昇華させ、そのプロダクトの良さをブラッシュアップしながらも、エンジニアとしてある意味では直感的に良いと思った実装を研究に落とし込む最初の取り組みでした。

つるべーさんも、言語化をする中で、このプロダクトの価値ってなんだろうか?他と比べた良さってなんなのだろう?実際にプロダクションで今までになく便利に使えているのだからそこに良さはあるはず、とお互い信じて取り組んできました。時には論文化を諦めそうになることもありましたが、お互いに改めて議論しながら、研究報告や査読付きのシンポジウム、国際会議などを通じて、デジタルプラクティに採録されるほどの実践的な研究として昇華することができました。

この取り組みから、改めて自分自身も、エンジニアが課題に直面したときに作り上げるプロダクトは必ずこれまでにない価値や意義があり、それを言語化することでその価値を論文として永続化させ、さらにそのプロダクト自身の質を、自分たち、あるいは、後世の研究者やエンジニアと共に継続的に高めていけることを改めて確信しました。これがあって、つるべーさんも、引き続き素晴らしい研究開発を行っているため、我々にとってはとても思い入れのある論文となりましたので、ぜひ一度目を通して頂けると幸いです。

謝辞

本研究で提案したsshrの開発を進めるにあたり、多大なるご支援とご助言を賜りましたGMOペパボ株式会社のホスティング事業部の皆様をはじめ多くの方々に厚く感謝を申し上げます。

第12回 インターネットと運用技術シンポジウム(IOTS 2019)で2件の発表、優秀論文賞を受賞しました

さくらインターネット研究所の鶴田(@tsurubee3)です。2019年12月5〜6日に沖縄産業支援センターで開催された第12回 インターネットと運用技術シンポジウム(IOTS 2019)にて、さくらインターネット研究所から2件の発表を行いましたので、スライドと共に内容を紹介します。

加えて、株式会社ハートビーツ取締役VPoEの高村成道(@nari_ex)さんをご招待した際に行っていただいた講演の内容を紹介します。

また当シンポジウムにて、坪内(@yuuk1t)が優秀論文賞および シー・オー・コンヴ賞をダブル受賞いたしましたので、そちらの様子も紹介します。

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